O MySQL pode diferenciar letras maiúsculas e minúsculas nos nomes das tabelas. Para desabilitar isso, basta seguir os passos abaixo:

Abra o arquivo /etc/mysql/my.cnf, procure pela sessão [mysqld] e adicione a diretiva:

[mysqld]
lower_case_table_names=1
...

Salve, feche o arquivo e reinicie o MySQL com o comando:

$ sudo service mysql restart

ou

$ sudo /etc/init.d/mysql restart

Se você usa Ubuntu com versão superior a 15.04, o gerenciador inicialização de software é o Systemd e o comando será:

$ sudo systemctl restart mysql

Referências